Un’antica chiesa dedicata a San Giovanni e detta fuorcivitas (fuori della città) esisteva certamente prima del 1085, quando fu inclusa nella seconda cerchia di mura.
La chiesa attuale fu riedificata nel 1170 ad opera di Gruamonte, autore anche dell’architrave scolpito con l’Ultima Cena.
Alla metà del Trecento la chiesa fu ingrandita e allungata nella zona presbiterale, tuttavia la decorazione del paramento murario esterno fu completata in armonia con quella preesistente.
L’interno è frutto del ammodernamento avvenuto nel XVII secolo e di ripetuti interventi che hanno inteso ripristinare le forme romanico-gotiche. La chiesa conserva un pulpito databile al 1270, opera di Fra’ Guglielmo, discepolo di Nicola Pisano.
Tra i capolavori conservati in chiesa si distingue l’acquasantiera in marmo collocata al centro dell’aula, generalmente attribuita a Nicola Pisano attorno il 1270.
Di assoluto pregio anche il polittico di Taddeo Gaddi, discepolo di Giotto, oggi appeso sulla parete sinistra del presbiterio (1353 circa).
Tra i capolavori del Rinascimento si distingue il celebre gruppo della Visitazione di Luca della Robbia (1445).